秦琼得胜之后，挟大胜之威，兵临疏勒城下。
秦琼为了断绝疏勒君臣的侥幸心理，于是命人提着乌卜素的脑袋去见阿弥厥，令其自醒。又命人将斩杀的西突厥人的脑袋堆在疏勒城下。突厥人的脑袋太多，竟然被堆成一座小山。
这些年西突厥势大，西域各国无能敌者。西突厥的骑兵也在天山之南肆虐，直到现在，诸国甚至已经习惯了这种情况，骨子里刻着对西突厥的畏惧。于是眼看乌卜素的脑袋，疏勒上下便满是震动，阿弥厥更是说不出话。
此战之前，众人虽然对大隋畏惧，但仍有不少人叫嚣着有西突厥支援，不必畏惧隋人。于是疏勒国上下也敢对大隋张牙舞爪，现在希望破灭，亡国就在眼前，众人就只想着进行着补了。
等到城外的人头小山建起，疏勒国人更是吓得肝胆俱裂。比起文字上的数字，这种场面对人的冲击无疑是更大的。
阿弥厥再无侥幸的心理，便准备开城投降。
至于城中的疏勒大臣，纷纷改头换面，往日一个个见到突厥人比见到亲爹都亲，现在纷纷成了坚定的亲大隋党。至于城中的西突厥监军和已经无法调头的官吏，则直接被抛弃了。
五月十五日，疏勒人打开城门，向隋军投降。隋军兵不血刃，占据疏勒。
阿弥厥将包括西突厥监军等国中的一众西突厥人皆抓了起来，交给隋军，以求获得隋军原谅。
秦琼并没有如阿弥厥的心愿将这些人诛杀，而是将其放还回西突厥。
疏勒国临阵反水，往日的人上人都成了阶下囚。这些人对疏勒国的背叛充满了仇恨，恨不得将疏勒国上下屠杀殆尽。往后有这些人在西突厥，疏勒国再想倒向西突厥也不敢了。
占领疏勒之后，摆在秦琼面前的当务之急，便是怎么处置疏勒国上下。直接如强盗一般将疏勒国上下诛杀干净也不是不行，但若是那么做便失了名声了。而且大隋是要长久的统治疏勒的，自是不能如此简单粗暴的行事。
当然不对内展开清洗也不成，大隋不可能留着疏勒国君臣，让他们继续在其位，影响大隋对这里的直接统治。
秦琼只得先命麾下诸军占领疏勒各城，然后接管府库和军队。
阿弥厥也不敢阻止，只得尽心竭力地服侍秦琼，只希望将隋将伺候好了，好能够保住王位。
至于城中官吏，也纷纷投奔，争相做大隋的好狗。
之前西域各国的大臣，混得好的几乎背后都有西突厥人的支持，大家错过了巴结西突厥，可不能错过巴结大隋了。
秦琼倒是没有太积极，只是让手下人去接触这些疏勒官吏，将其分门别类。
入城之后不久，秦琼便要祭祀班超。当年东汉初入西域，匈奴掀起西域大战的时候，班超曾在疏勒御敌，当时疏勒是大汉经营西域的大本营。班超当时在疏勒国皆有盛名，甚至班超要离开时，疏勒都尉黎弇为了阻止班超离开，竟然自刎而亡，百姓更是抱住班超的马腿苦苦挽留。
班超对疏勒有恩，亦有威，光疏勒王就杀了两个，立了两个。秦琼祭祀班超，正是彰显中原王朝的武力与威严，让疏勒人感到威和亲。
疏勒人自是不敢拒绝，于是祭祀在王城内举行。
王城外有一口井，当初龟兹、姑墨等国发兵攻打疏勒，班超与疏勒王忠互为犄角，首尾呼应，在盘橐城（疏勒国都，汉时名称）据守。虽然势单力孤，但仍坚持了一年多。龟兹联军猛攻不下，便断绝流向城里的河水，希望用这个办法迫使班超投降。班超命人在城里挖井，可井挖到十五丈深仍不见有水。当时，士兵们渴得没办法，甚至榨马粪汁来解渴。班超并不气馁，坚信一定能挖出水来，命人继续挖，不久果真见到泉水涌出。班超立即命士兵把水扬洒向城外，告诉龟兹人城里有水。龟兹人见城里有水，强攻又攻不下来，只好撤退了。